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主要从事结核病系统生物学与转化医学，针对结核病检出率低、疫苗保护期短、药物耐受等问题，率先采用全新视野和创新思维开展跨部门、跨领域研发团队，深入研究与转化，取得系列创新成果，已在Nature Genetics, CellResearch, Cell reports等SCI刊物发表120余篇高水平研究论文，申请专利90余项。
由于对结核病事业全身心的投入与奉献，毕利军荣获首届“全国创新争先奖”、全国巾帼建功标兵、全国三八红旗手、中共中央组织部国家万人计划、科技部国家创新团队、中国防痨协会首届全国优秀科技工作者。在2018年由中国防痨协会、国家卫健委指导的全国“最美防痨人”评选活动中以最高票数当选，并荣幸获得结核病大使彭丽媛女士的亲自颁奖。